类别的多样性导致高校教育基金会项目管理上的复杂性，在项目管理的程序上存在一定差异性。公益项目的管理绝大部分依靠管理人员的经验，多数高校仍以手动分类管理为主，许多经验性的方法容易因为相关管理人员变化而难以持续。

诸多高校教育基金会的体制机制不够健全，工作人员缺编现象严重，甚至存在与学校财务部门“共享”工作人员的情形。公益项目管理缺乏长远规划，缺乏长期积累和传承，很多公益项目难以长期持续下去，一次性和短期公益项目占据了较大比例，不利于提高自身公益影响力。